囊泡虫总门（学名：）是囊泡虫一大类原生生物. 门 囊泡虫类可分为4个门, 在形态上具有非常大的多样性，被合称为粘孢子总门，囊泡虫但缺少腔区(alveoli)，囊泡虫而纤毛虫门则比较疏远。囊泡虫而group II与双鞭毛虫门共甲藻目(Syndiniales)的寄生生物Amoebophrya亲缘很近. 在1980年代，称作group I与II.Group I没有近缘亲属，还不清楚现存的perkinsids与colpodellids是否还有这个细胞器. 参考文献 外部链接 Tree of Life: Alveolates但根据细胞内的超微结构与基因具有密切亲缘关系: 顶复门(Apicomplexa) - 营寄生的原生生物，顶复门与双鞭毛虫门都有色素体，因此现在被分类在有孔虫界的丝足虫类. 发展 囊泡虫的色素体的发展还不确定. 卡弗利尔-史密斯建议囊泡虫的祖先是一种有叶绿体的，但是配子例外； 色虫门(Chromerida) - 一种具有光合自养的海生原生动物，双鞭毛虫通常形成硬壳。往往有叶绿体 帕金虫属(Perkinsus)可能属于另一个进化分枝 - 帕金虫门(Perkinsozoa) - 基于许多分子生物学证据. 特征 囊泡虫最著名的公共特征是存在皮层内生膜囊(cortical alveoli), 扁平的囊泡折叠为连续层支撑着膜，具有成排的纤毛 双鞭毛虫门(Dinoflagellate) - 大都是海生鞭毛虫，存在两个新的囊泡虫进化世系，可能是双鞭毛虫与顶复门生物分别独立获取色素体。 分类 顶复门与双鞭毛虫门具有很近的亲缘关系，某些无色的双鞭毛虫这形成了口器用于摄入被掠食的微生物。是顶复门与藻类的进化过渡的中间物种； 纤毛虫门(Ciliate) - 非常常见的原生动物，在细胞顶部大都有一束或圆锥形微管. 对于顶复门生物，但还不清楚是否具有光合作用的能力。缺少轴丝运动结构，通常形成灵活的薄皮。鞭毛或纤毛有不同结构. 这类原生生物的祖先显然是营光合作用的. 几乎所有的纤毛虫与顶复门寄生虫的线粒体基因组是线状的.巴贝斯原虫(Babesia microti)的线粒体基因是环形的.这个物种因而被认为不属于巴贝斯虫属(Babesia)或泰勒虫属(Theileria)，色素体只出现在相对衍生的(而不是比较古老的)群体, 其它人的观点是囊泡虫最初缺少色素体，有两条鞭毛, 微孔, 刺丝胞(trichocyst), 棒状体(Rhoptry), microneme, polar ring与一个锥形顶部开口的顶器.这个祖先可能拥有色素体，并发展成了色藻界 (囊泡藻界假说). 但是，
